تسعى لجان الاعتمادية البرامجية في الكلية للحصول على الاعتماد الدولي من خلال تبني برنامج تعليمي مواكب للشروط والمواصفات المحددة من قبل الفدرالية العالمية للتعليم الطبي (WFME) ومواصلة عملية التطوير من خلال التقييم الذاتي المستمر، وقد حصلت كلية طب النهرين في نيسان 2024 على الاعتماد الدولي من خلال حصولها على اعتماد هيئة مؤسسات التعليم العالي ونظام الجودة الأردنية (AQACHEI) المعتمدة من قبل (WFME).

وكانت الكلية قد حصلت عام 2022 على اعتماد مشروط من قبل المجلس الوطني لاعتماد كليات الطب في العراق (NCAMC) وتعمل على الحصول على الاعتماد الكامل من نفس المجلس ومن خلال عمل ثلاث لجان للاعتمادية وهي: اللجنة التوجيهية برئاسة السيد عميد الكلية، اللجنة الرئيسية برئاسة السيد معاون العميد للشؤون العلمية والطلبة، واللجان الفرعية للاعتمادية.